اجرای این برنامه به منظور تحقق هدف فوق، با راهبری و هدایت معاونت پژوهش و فناوری وزارت عتف به عنوان نهاد مجری ملی و با پشتیبانی نهادهای ملی حامی، مانند سازمان برنامه و بودجه، معاونت علمی و فناوری، صندوق نوآوری و شکوفایی، وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات، پارک فناوری و نوآوری صنعت نفت و دیگر حامیان ملی، برنامه‌ریزی شده است. در این برنامه پارک‌های علم و فناوری علاوه بر مسئولیت اجرای برنامه در سطح محلی، مسئولیت تأمین بخشی از منابع مالی-حمایتی برنامه را بعهده دارند. دبیرخانه ملی این طرح زیر نظر دفتر برنامه‌ریزی امور فناوری فعالیت می‌کند و مسئولیت هماهنگی اجرای برنامه گرنت فناوری را در سطح ملی بعهده دارد.
این برنامه در سه بخش حمایت از پایان‌نامه‌ها و رساله‌های فناورانه و نوآورانه، حمایت از تحقیقات فناورانه و نوآورانه آزمایشگاه‌های تحقیقاتی اعضای هیات علمی و محققین در دانشگاه‌ها و موسسات پژوهشی و حمایت از شرکتی‌های نوپا فناور و نوآور زایشی این موسسات، و از طریق فراخوان سراسری انجام می‌گیرد.